Время действия наша современность и главный герой этой истории, Сакураба Иттоки, один из тех молодых людей, которые уверены, что в реальности на свете не осталось ниндзя, а лишь сказания и легенды. Но на удивление очень скоро этот миф оказался развенчан, ибо сам очутился в эпицентре событий, непосредственно столкнувшись с покушением лично против него. Поэтому вслед за покушением на его жизнь он открывает для себя, что является непосредственным потомком и легитимным правопреемником Ига Ниндзя. Естественно юноша должен учиться и тренироваться как представитель своего рода, для этого его отправляют в Ninjutsu Gakuen, школу дзёнин в стране восходящего солнца. А между тем ведется дознание, чтобы выяснить, кто и почему пытается его убить. В стенах учебного заведения он заводит новые знакомства, в число коих попадают и красивые, но смертельно опасные девушки-синоби...
