Прошло сто лет с тех пор, как некогда мифическая «истинная магия» превратилась в широко используемую технологию по всему миру. В Японии аффилированная средняя школа Первого национального университета магии (First High) входит в число девяти престижных магических академий и приветствует двух исключительно способных братьев и сестер, Миюки и Тацуя Шиба. Первая школа использует систему сортировки, основанную на результатах вступительных экзаменов, разделяя учащихся на Курс 1 и Курс 2. К сожалению, ученики 2 Курса, известные как «Сорняки», сталкиваются с пренебрежением со стороны учеников 1 Курса, которые с гордостью называют себя «Цветками». Тацуя оказывается на 2-м курсе, а его сестра Миюки получает место на 1-м курсе как почетная ученица. Преисполненная решимости доказать истинные способности своего брата, Миюки стремится показать Первой школе, что Тацуя — один из самых выдающихся магов во всем мире, несмотря на первоначальный ярлык неумелости. В аниме Mahouka Koukou no Yuutousei история Mahouka Koukou no Rettousei пересказывается с точки зрения Миюки, позволяя зрителям наблюдать за событиями, разворачивающимися глазами ее и других известных женских персонажей.
